MgCl2 (25mM)

O ião magnésio (Mg2+) é um co-fator essencial para a atividade da DNA polimerase, uma vez que permite a incorporação de dNTPs durante a polimerização do DNA. Além disso, o Mg2+ facilita a ligação dos iniciadores aos moldes de DNA, estabilizando as cargas negativas, influenciando assim as temperaturas de "annealing" e de fusão.

Concentrações elevadas de Mg2+ aumentam a atividade da polimerase, no entanto, com o custo da fidelidade. O dsDNA é estabilizado por concentrações elevadas de Mg2+ evitando assim a desnaturação e aumentando a temperatura de fusão. Pela mesma razão, a formação de dímeros de primers é aumentada com concentrações mais elevadas de Mg2+, bem como com temperaturas de recozimento.

A biodisponibilidade do Mg2+ numa reação de PCR depende de muitos parâmetros, como a concentração e a pureza do molde DNA, concentração de primers e pureza, concentração de dNTP, presença de quelantes (por exemplo, EDTA) ou presença, tipo e concentração de corantes fluorescentes. Assim, recomenda-se a optimização da concentração de Mg2+ a cada nova reacção de PCR ou sempre que se verifique uma alteração destes parâmetros.